הרב מרדכי אליהו היה לא רק מראשי הציבור הדתי ומגדולי רבותיו, אלא אף מקובל מרכזי שבשמו נקשרו מעשי ניסים רבים. במרוצת השנים הם עברו מפה לאוזן בקרב תלמידיו, בגרסאות שונות ומזוויות שונות. כמה מהם מקבלים משמעות מיוחדת, עם פטירתו של הרב.
הסיפור המרכזי ביותר שקיבל את אישורו של הרב בחייו, היה סיפור שעון הגאולה של הבבא סאלי. על פי הסיפור, הבאבא ברוך, בנו של רבי ישראל אבוחצירא (ה"באבא סאלי"), סיפר לרב אליהו כי אביו נגלה אליו בחלום הטורד את מנוחתו. בחלום ציווה הבבא סאלי את בנו כי ימסור לרב אליהו את שעון הזהב אשר הותיר לו בירושה. לפי החלום ההוא, תכליתו של השעון הוא להודיע את שעת הגאולה לעם ישראל.
"הרב פעם אמר שהשעון נמצא בחמש דקות לפני שתים עשרה, והיום כולם מספרים שהשעון של הרב אליהו כבר בשעה שתים עשרה", סיפר בנו של הרב אליהו, הרב שמואל אליהו. "איננו מעיזים לפתוח את השעון ללא רשותו של הרב אבא, אבל עצם השמועה על הסיפור מוכיחה כי אולי באמת המשיח מתקרב מאוד", הוסיף הרב שמואל וסיפר כי כששאל את אביו אודות נכונות הסיפור, היה נוהג לצטט באוזניו את הפסוק: "שִׁמְרוּ מִשְׁפָּט וַעֲשׂוּ צְדָקָה כִּי קְרוֹבָה יְשׁוּעָתִי לָבוֹא וְצִדְקָתִי לְהִגָּלוֹת".
סיפור קבלי נוסף שנקשר בשמו של הרב קשור אף הוא לדמותו של הבבא סאלי, רבי ישראל אבוחצירה. בראיון לעלון "עולם קטן", סיפר הרב שמואל אליהו על גלימה מופלאה אותה קיבל אביו מידיו של הבבא סאלי. הגלימה שנמסרה לרב אליהו הוכנה על ידיו של הבבא סאלי, על מנת שיוכל ללבוש אותה בעצמו לקראת קבלת פניו של המשיח. שעות ספורות לפני מותו, קרא הבבא סאלי לרב אליהו ומסר לו את הגלימה. על פי השמועה, בכיס הגלימה העליון נמצאו כמה שערות שנשרו מזקנו של הבבא סאלי, שהדגיש באוזניו של הרב אליהו: "שים לב שבשעה שתקבל פני משיח, השערות האלה שהם חלק ממני יהיו יחד איתך".
לאורך תקופת אשפוזו של הרב אליהו התפרסמו מעשי ניסים נוספים שנקשרו בשמו. באחד המקרים סופר כיצד הרב אליהו הרגיש כי בחדר האשפוז שלו ישנה נוכחות של צלב, שאותר על ידי עוזריו רק לאחר חיפוש בכליה של אחת המאושפזות במקום. כמו כן, מספרים תלמידיו כי המשפט הראשון שאמר הרב לאחר שהתעורר מניסיונות ההחייאה היה: "הייתי למעלה וחזרתי לכאן". במקרה אחר, בעת שהרב חזר להכרה חלקית לאחר כמה שעות של אי-עירנות, אמר הרב לסובבים אותו כי הוא "עדיין באמצע הדין".